本学会は日本病院会の事業の一環として人間ドックの向上発展とその使命遂行を図ることを目的として設立されました。その設立の第一歩は1958年11月日本病院会（協会）に臨床予防医学委員会が設置され方針が決定されたことによる。

その方針に従ってこの学会は、1959年5月、日本病院協会（現日本病院会）が健康保険組合連合会と契約を結んで短期入院ドックが開始された折、この事業発展のため、同７月に人間ドックを開始していた１２病院に加え実験的実施３病院の発表会という形式で、聖路加国際病院で１７名の人間ドック担当医と健保連関係者が集まって検討し、同年8月短期人間ドック医療担当者講習会を行ったのが始まりであった。

その後毎年1回研究会が開催され、1969年8月にはドック発足10周年を記念して「第10回人間ドック学会」と改称された後、さらに第24回学会において「日本人間ドック学会」と発展し、併せて学会会則等も整備され今日の礎が確立された。

今後も組織としてのさらなる発展を心がけております。